Церковь построена, как пожертвование князя Милоша Обреновича, который возводил многочисленные храмы и монастыри как в стране, так и за рубежом. Тем не менее, из всех своих воздвигнутых сооружений, он больше всего любил церковь Топчидер. Согласно народным легендам, князь Милош воздвиг этот храм в знак своего спасения, в благодарность Богу, ему удалось избежать гнева Караджорджа, из-за неудачи турецкой армии в Топчидере. Согласно второй версии, князь Милош должен был быть казнен за противодействие Караджорду в том месте, где сейчас стоит церковь. Придя к власти, он исполнил свой обет и обещание, построив эту церковь рядом со своим летним замком в непосредственной близости от дома митрополита Сербии. До 1863 года церковь Святых Апостолов Петра и Павла была придворной церковью, с которой связаны важные события со времени создания и организации государственной и церковной жизни восстановленной Сербии.

Исторические обстоятельства, при которых турки разрушили все церкви, построенные в период правления деспота Стефана Лазаревича в результате оккупации Белграда, делают эту старейшую сохранившуюся белградскую церковь периода восстановленной Сербии чрезвычайно важным культурным памятником. Говоря о культурном и историческом значении этой церкви, следует подчеркнуть, что ее происхождение тесно связано с национальной борьбой и стремлением сербского народа освободиться от многовекового турецкого рабства. На самом деле, Вождь Караджордже из Топчидера во время Первого сербского восстания в 1804 году привел повстанцев в Белград, освободил его и завоевал сербский народ.

Как хорошо известно, князь Милош пожертвовал три колокола церкви Топчидер, два из которых были сняты во время Первой мировой войны и доставлены в Вену, где они были расплавлены и использовались в военных целях наряду с другими колоколами, собранными из православных храмов. Третий самый маленький колокол сохранился и сегодня является значительной древностью. Вместе с церковью и домом митрополитом колокола были взяты под государственную защиту в 1949 году. Эти исторические колокола князя Милоша провозгласили свободу и независимость Сербии после второго Хатишерифа 1830 года.